Il Museo espone reperti di epoca etrusca, romana e medievale del territorio sangimignanese. L'esposizione si divide in due sezioni: una dedicata all'arte etrusca e romana con testimonianze provenienti da insediementi rinvenuti sul territorio risalenti al VII - I secolo dopo Cristo, l'altra riservata alle attività produttive di carattere artigianale, quali vetro e  ceramica attestate nella città durante il medioevo. San Gimignano è uno straordinario esempio di urbanistica medievale, con le famose torri e gli eleganti palazzi che testimoniano il suo illustre passato. Il complesso dei Musei Civici comprende il Palazzo Comunale e la Torre Grossa che, per la loro eccezionalità nel panorama storico-artistico europeo, costituiscono, insieme al Duomo interamente affrescato, il fulcro dal quale si diparte ogni itinerario.
Il complesso comprende il Museo Archeologico che documenta, appunto, le origini della città, la Spezieria di Santa Fina con preziosi vasi “da farmacia” che ancora conservano gli antichi preparati medicinali, e la Galleria d’Arte Moderna e Contemporanea Raffaele De Grada.